東京市長朝倉突然收到一封神秘的恐嚇信，隔日其一手策劃完成的新地下鐵隧道隨即遭人炸毀！柯南調查後發現，市長於國土交通部部長任內曾興建過水庫，極有可能因此遭人懷恨。
位於新潟縣的北之澤村，五年前因為水庫的興建而遷村到鄰近地區。村民們舉辦了一場紀念遷村五週年的活動，並邀請許多人士參加，犯人是否就在其中？柯南在調查的過程中，遇見五個從小一起長大並且已八年沒見面的男女。
這一群男女在八年前曾歷經一起死亡車禍，接著又適逢水庫的建設，讓他們內心充滿陰影、嫉妒與怨恨。在那起車禍發生的同日，一名少年「冬馬」從懸崖跌落後長期昏迷，如今卻突然奇蹟般地甦醒！然而隨著車禍發生當日的記憶逐漸恢復，冬馬也開始陷入危機…。不久後，這群兒時玩伴的其中一人被發現業已身亡，而少年偵探團也遭到不明人士的威脅。冬馬前究竟是看到了什麼？隱藏於他記憶中的真相到底為何？而炸毀地下鐵的犯人下一個目標又是…？一場大浩劫即將全面侵襲水庫之村