位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像於八年前遭竊，寺院的住持為了解讀一張謎樣的圖案以得知佛像藏匿地點，於是請來了小五郎幫忙，而柯南、小蘭和園子也因此跟著來到了京都。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，隨即展開了調查；然而當他來到有關義經與弁慶的歷史遺跡——最著名的京都五條大橋時，一個手持竹劍的男子突然來襲！

　柯南在躲過襲擊後才發現，那個男子居然是服部平次。服部平次是與工藤新一齊名的高中生偵探，同時也是少數知道柯南就是工藤新一的人物之一，這次亦是為了追查大阪的「源氏螢」成員被殺事件而來到京都。平時在推理方面總是互相較勁的這兩個人，為了查出事件的真相，乃決定聯手進行調查；只是此刻誰也沒想到，戴著面具的黑影男子已悄悄將弓箭瞄準了他們！

　在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影中的謎題與陷阱即將襲擊柯南一行人！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！而柯南的身體終於……